De vaste presentatie en de collectie van Museum Flehite sluiten aan op verschillende canonvensters van de Utrechtse Canons / Canon van Eemland en van de Canon van Nederland. Zo is er in het museum aandacht voor de prehistorie, de Middeleeuwen, de Gouden Eeuw en de Eerste en de Tweede Wereldoorlog. Voor werkstukken kun je een duik nemen in de opmerkelijke collectieverhalen die achter een aantal museumstukken schuil gaan. Beeldmateriaal in lage resolutie vind je in de museumcollectie van meer dan 20.000 voorwerpen.